El día que Taiju Oki, un adolescente fuerte pero algo palurdo, se decide por no declararle su amor a Yuzuriha, sucede algo radical e inesperado: justo un segundo antes de la declaración, causas desconocidas llevan al total de la humanidad a convertirse instantáneamente en piedra. Después de 3689 años y 158 días, durante los que ha luchado por no perder la consciencia y desaparecer, Taiju emerge de la piedra y vuelve a la normalidad. Aunque sólo para descubrir que el resto de la humanidad jamás despertó de su sueño pétreo. Luego se entera de que su amigo Senku, un genio absoluto de vocación científica y mentalidad mucho más pragmática, también ha sobrevivido, y juntos encuentran una fórmula para volver a la vida a muchas de las estatuas que no se han partido en pedazos con el paso de los siglos. Llegados a este punto se marcan como objetivo reconstruir la civilización desde sus cimientos y tratar de alcanzar el mismo desarrollo tecnológico que había antes de la catástrofe de origen desconocido. Pero tienen que hacerlo de la forma más acelerada posible ya que no quieren morirse en la edad de piedra. La misión es ir paso a paso reproduciendo todo lo que fue necesario para llegar a convertir las materias primas de la naturaleza en las cosas que hoy damos por sentadas, como ordenadores, móviles y aviones. Los acompañarán en este desafío Yuzuriha, el eterno amor de Taiju, y otros variopintos personajes. ¿Lograrán su objetivo sin que las salvajes bestias que ahora campan a sus anchas por el mundo se hagan un bocata de humano antes? ¿Hay más gente que ha despertado sin ayuda en este reverdecido mundo? ¿Y si hay más pero no todos tienen objetivos tan pacifistas? ¿Servirá la combinación de cerebro y músculos como piedra fundacional para esta nueva Edad de Piedra de la humanidad? Todas estas dudas y muchas más serán respondidas en el mismísimo primer tomo, abriendo el abanico de incógnitas para explorar este nuevo mundo.