En el segundo capítulo de la trilogía de Matrix, Neo adquiere un mayor dominio de sus poderes, mientras Sión se encuentra sitiada por el Ejército de las Máquinas. Pero los ciudadanos de Sión, animados por la convicción de Morfeo de que el Elegido hará realidad la Profecía del Oráculo y pondrá fin a la guerra con las máquinas, ponen todas sus esperanzas y expectativas en Neo, que se encuentra bloqueado por visiones inquietantes mientras busca qué medidas tomar. Fortalecidos por su amor mutuo y creencia en sí mismos, Neo y Trinity deciden volver a Matrix con Morfeo. Entretanto, hay exiliados como el Agente Smith quien, impulsado por la humanidad que en otro tiempo despreció, destruirá todo lo que se oponga en su camino de venganza. Por su parte, Neo se enfrentará a una mayor resistencia, a una verdad aún mayor y a una decisión infinitamente más difícil de tomar de lo que jamás imaginó.